Un grup secret de oameni de ştiinţă au descoperit celebrul oraş pierdut Atlantis care nu este pe Pământ ci într-o altă galaxie, Pegasus. Stargate Atlantis, care are la bază serialul de succes Stargate SG-1, urmăreşte aventurile un grup militar de oameni de ştiinţă, condus de Dr. Elizabeth Weir, care pornesc într-o călătorie către Atlantis. Misiunea lor: să descopere secretele oraşului Atlantis şi să le facă cunoscute pe Pământ. Vor fi pe cont propriu, fără mijloace de întoarcere, salvare şi fără ajutor. Singura lor şansă este să găsească în Atlantis tehnologia necesară pentru a se putea întoarce pe Pământ.