Înfrângerea lui Khan de către Kirk şi crearea planetei Genesis sunt victorii goale. Spock e mort şi McCoy a înnebunit în mod inexplicabil. Apoi, o vizită surpriză din partea lui Sarek, tatăl lui Spock, oferă o revelaţie şocantă: McCoy poartă în el sufletul lui Spock. Cu un prieten viu şi altul mort, dar ambii în chinuri, Kirk încearcă să-i ajute furând U.S.S. Enterprise şi înfrângând carantina impusă de flota stelară pe Genesis. Dar şi Klingonienii au aflat de Genesis şi se grăbesc la înfruntarea pe viaţă şi pe moarte cu Kirk.