Suntem în secolul 23. Nava spaţială U.S.S. Enterprise e într-o misiune de rutină. Amiralul James T. Kirk primeşte un mesaj de la laboratorul spaţial Regula One. Un dispozitiv strict-secret numit Genesis a fost furat de vechiul duşman al lui Kirk, Khan, un genial renegat din secolul 20 care foloseşte acest dispozitiv periculos pentru a se răzbuna. Ajutat de armata sa de super-oameni genetici, Khan vrea să preia controlul asupra Federaţiei şi pleacă pe urmele lui Enterprise, decis să-şi îndeplinească misiunea: uciderea amiralului Kirk... chiar şi cu preţul distrugerii întregii lumi.